A coleção de Aracnídeos começou em 1998 e conta com aranhas, escorpiões e millipedes. Atualmente é a maior coleção de aracnídeos do Cerrado, além de ter espécies de outros biomas também. São cerca de 25.000 espécimes armazenados em via líquida
O Prof. Dr. Paulo César Motta é responsável pela curadoria da coleção e atua nas áreas de ecologia e zoologia de aracnídeos do Cerrado.
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